Estas colinas cónicas, que están separadas por llanuras planas y contienen numerosas cuevas y manantiales, son similares a otras de roca calcárea que hay en Eslovenia, Croacia, Puerto Rico o Cuba.

Se trata de una forma de relieve característica de ciertos paisajes kársticos, es decir, surgidos a partir de una combinación de la disolución de la roca por efecto de la lluvia, las aguas superficiales y las subterráneas.

Originariamente los componentes que la forman se depositaron en el mar por acumulación de esqueletos calizos de organismos marinos (corales, moluscos…) y después, durante el Plioceno, hace unos cinco millones de años, la roca calcárea fue fracturada y elevada sobre el nivel del mar a causa de procesos tectónicos.

De hecho, existe una placa hecha de bronce en el mirador del municipio de Carmen que dice lo siguiente:

 «La forma de tierra única conocida como las Colinas de Chocolate de Bohol se formó hace siglos por la elevación de los depósitos de coral y la acción del agua de lluvia y la erosión. Las colinas cubiertas de hierba alguna vez fueron arrecifes de coral que surgieron del mar en un cambio geológico masivo. El viento y el agua dieron los toques finales durante cientos de miles de años».

Respecto a su nombre, su origen es bastante más simple. Cuando el país pasa de su estado tropical habitual a una estación seca, el color de las colinas se transforma radicalmente de verde a marrón, de ahí esta nomenclatura. Según los lugareños y los geógrafos, estas colinas cuando se vuelven marrones se asemejan a trozos de chocolate hasta donde alcanza la vista.