A pesar de todo lo expuesto, la tecnología de los aerogeneradores de vórtice también tiene su impacto en los ecosistemas, y particularmente, en la fauna —no se puede descartar que los animales colisionen contra el mástil en movimiento—. La SEO/BirdLife recomienda emplear señalizaciones luminosas para facilitar su visualización durante la noche. 

Sin embargo, si las estimaciones son correctas, tanto este impacto como los barotraumas en murciélagos se reducirían muy significativamente con esta nueva tecnología.

Finalmente, el hecho de que los aerogeneradores de vórtice puedan instalarse mucho más cerca unos a otros, permitiría, en principio, reducir el área empleada para el parque eólico. Tener parques eólicos más reducidos disminuiría la pérdida del hábitat. 

Si la tecnología es tan buena como indican los datos preliminares, y su gestión y planificación son las adecuadas, esta tecnología podría, en resumen, minimizar los impactos de los parques eólicos sobre la fauna y sobre la biodiversidad.